Σύμφωνα με την ιστοσελίδα του Πανεπιστημίου Wisconsins BioWeb, ένας εκκινητής PCR είναι ένα σύντομο, συνθετικό ολιγονουκλεοτίδιο (συνήθως μεταξύ 18 και 25 βάσεων) που χρησιμοποιείται για την ενίσχυση συγκεκριμένων περιοχών DNA σε μια τεχνική μοριακής βιολογίας γνωστή ως αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR). Τόσο ένα εμπρόσθιο όσο και ένα ανάστροφο εκκινητήριο μόριο είναι απαραίτητο, σχεδιασμένο να είναι αντίστροφα συμπληρώματα του κλώνου ϋΝΑ, να φθάνει και να δεσμεύεται στην επιθυμητή περιοχή ϋΝΑ. Όταν οι επιστήμονες θέλουν να πραγματοποιήσουν έρευνα σε ένα συγκεκριμένο γονίδιο ή περιοχή του DNA, πρέπει πρώτα να εκτελέσουν PCR για να αποκτήσουν αρκετή περιοχή-στόχος για να εργαστούν. Ο σχεδιασμός αλληλουχιών εκκινητών για την περιοχή ενδιαφέροντος μπορεί να είναι απαραίτητη εάν δεν είναι ήδη διαθέσιμες μέσω προηγούμενης δημοσιευμένης έρευνας ή με εμπορικά μέσα.
Αποκτήστε την αλληλουχία νουκλεοτιδίων του γονιδίου ή της περιοχής DNA που σας ενδιαφέρει και αποφασίστε για πόσο καιρό ένα θραύσμα θέλετε να ενισχύσετε. Ο εμπρόσθιος και αντίστροφος εκκινητής έχει σχεδιαστεί για να συνδέεται στην αρχή και στο τέλος του επιθυμητού θραύσματος. Τυπικά, οι συμβατικές μέθοδοι PCR χρησιμοποιούν πριμοδότες που πλευρίζουν μια περιοχή μεταξύ 100 έως 1.000 ζευγών βάσεων, ενώ οι μέθοδοι PCR σε πραγματικό χρόνο χρησιμοποιούν τμήματα μήκους περίπου 50 έως 200 ζευγών βάσεων.
Αποφασίστε πού θα ακολουθήσετε την ακολουθία που θέλετε οι αστάρι να βρίσκονται. Για παράδειγμα, ίσως θέλετε τη θέση κοντά στο 5 ή το 3 άκρο της ακολουθίας ή στη μέση. Εάν είναι επιθυμητό, ορίστε τη θέση των εναρκτήρων για να εκτελέσετε ένα εσώνιο.
Ακολουθήστε τις προτεινόμενες οδηγίες για το σχεδιασμό των αστάρι. Η επιτυχής ενίσχυση του προϊόντος ϋΝΑ εξαρτάται από την ποιότητα των εκκινητών και ορισμένες μεταβλητές είναι κρίσιμες.
Σχεδιάστε τους εκκινητές να έχουν μήκος 18 έως 24 βάσεις. Ο Vincent R. Prezioso, Ph.D., από την Brinkmann Instruments Inc., υποδηλώνει ότι αυτό το μήκος είναι αρκετά μεγάλο ώστε να είναι εξαιρετικά ειδικό στην επιθυμητή περιοχή του DNA, αλλά αρκετά σύντομο ώστε να συνδέεται εύκολα (ανόπτηση). Η θερμοκρασία τήξης του ασταριού (Tm) πρέπει να είναι μεταξύ 55 έως 80 βαθμών Κελσίου, αρκετά χαμηλή ώστε να επιτρέπει πλήρη τήξη σε ή πάνω από τους 90 βαθμούς Κελσίου, αλλά αρκετά υψηλή ώστε να επιτρέπει ανόπτηση. Το περιεχόμενο GC (ποσοστό Gs και Cs στην ακολουθία) θα πρέπει να είναι μεταξύ 40 και 60 τοις εκατό. Το 3 άκρο της αλληλουχίας εκκινητή θα πρέπει να τερματίζεται σε ένα C ή ένα G (που ονομάζεται σφιγκτήρας GC) για την προαγωγή της δέσμευσης, εφόσον τα νουκλεοτίδια G και C έχουν ισχυρότερους δεσμούς, ωστόσο αποφεύγουν να έχουν τρία ή περισσότερα Gs ή Cs στις τελευταίες πέντε βάσεις της ακολουθίας.
Αποφύγετε την εκτέλεση τεσσάρων ή περισσότερων από μία βάση (όπως ACCCC ...) ή τέσσερις ή περισσότερες δι-νουκλεοτιδικές επαναλήψεις (όπως ATATATAT ...) επειδή μπορεί να προκαλέσουν λάθος πριμοδότηση.Σχεδιάστε εκκινητές χωρίς ομολογία ενδο-εκκινητή (περισσότερες από τρεις βάσεις που συμπληρώνουν μέσα στον ίδιο τον ίδιο τον εκκινητή) ή ομολογία μεταξύ διαμερισμάτων (όπου ο εμπρόσθιος και ο αντίστροφος εκκινητής έχουν συμπληρωματικές αλληλουχίες). Αυτό μπορεί να προκαλέσει αυτομερή ή διμερή εκκινητή, όπου οι εναρκτήρες συνδέονται προς τον εαυτό τους αντί να δεσμεύονται στην επιθυμητή αλληλουχία DNA.
Χρησιμοποιήστε διαδικτυακούς πόρους και ιστότοπους που βοηθούν στη σχεδίαση του αρχικού τεμαχίου ή βοηθούν στην επαλήθευση των αλληλουχιών των αρχικών τεμαχίων για την αυτοσυμπληρωματικότητα ή τη δυνατότητα δημιουργίας δευτερευουσών δομών, Ορισμένοι ιστότοποι σχεδίασης πριμοδότη περιλαμβάνουν το Ινστιτούτο Τεχνολογιών Primer3 της Μασαχουσέτης, το Εθνικό Κέντρο Βιοτεχνολογικών Πληροφοριών Primer-Blast και το Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer.