Περιεχόμενο
Μόλις εκτελέσετε δείγματα DNA σε ένα πήκτωμα αγαρόζης και τραβήξετε μια φωτογραφία, μπορείτε να αποθηκεύσετε την εικόνα αργότερα, σε ποιο σημείο μπορείτε να αναλύσετε τα αποτελέσματα και να τα ερμηνεύσετε. Τα είδη των αντικειμένων που ψάχνετε εξαρτώνται από τη φύση του πειράματός σας. Εάν κάνετε DNA fingering, για παράδειγμα, θα θέλετε να συγκρίνετε το μέγεθος των τεμαχίων DNA από δύο δείγματα - από τον ύποπτο και από ένα δείγμα σκηνής του εγκλήματος, ίσως. Εάν εργάζεστε με πλασμίδια από βακτήρια, αντίθετα, ίσως χρειαστεί να βεβαιωθείτε ότι το πλασμίδιο περιέχει το ένθετο. Κατά συνέπεια, ο τρόπος με τον οποίο ερμηνεύετε το πήκτωμα θα εξαρτηθεί εν μέρει από το πείραμα που κάνατε. Παρ 'όλα αυτά, υπάρχουν ορισμένοι γενικοί κανόνες που μπορείτε να εφαρμόσετε.
Ξεκινώντας από την κορυφή της εικόνας, μετρήστε την απόσταση σε κάθε ζώνη στη λωρίδα "πρότυπα" της γέλης σας (γνωστή και ως σκάλα). Η πρότυπη λωρίδα περιέχει τεμάχια DNA των οποίων το μέγεθος είναι ήδη γνωστό, οπότε θα πρέπει να γνωρίζετε ήδη το μέγεθος καθενός πριν από την έναρξη του πειράματός σας. Μετρήστε επίσης την απόσταση που διανύθηκε από τις ζώνες σε κάθε λωρίδα δειγμάτων.
Διαχωρίστε την απόσταση κάθε προτύπου και κάθε ζώνη στα δείγματα που διανύθηκαν από την απόσταση μέχρι το κάτω μέρος της γέλης. Το αποτέλεσμα ονομάζεται σχετική κινητικότητα. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το πρόγραμμα υπολογιστικών φύλλων για να κάνετε την αριθμητική για εσάς αν αυτό θα κάνει αυτό το βήμα πιο γρήγορα.
Εισαγάγετε τη σχετική κινητικότητα και το μέγεθος κάθε προτύπου στο πρόγραμμα υπολογιστικών φύλλων και, στη συνέχεια, χρησιμοποιήστε το εργαλείο γραφικών του προγράμματος υπολογιστικών φύλλων για να δημιουργήσετε ένα γράφημα αυτών των δεδομένων με σχετική κινητικότητα στον άξονα x και το μέγεθος του y.
Τοποθετήστε μια γραμμή στο γράφημα χρησιμοποιώντας μη γραμμική παλινδρόμηση. Συμβουλευτείτε την ενότητα βοήθειας για τα προγράμματα υπολογιστικών φύλλων, εάν πρέπει να ξέρετε πώς να το κάνετε αυτό. Θα πρέπει να καταλήξετε σε μια εξίσωση, ίσως μια παρόμοια με την ακόλουθη:
y = (0.3) χ ^ -2.5
Σημειώστε ότι x εδώ θα είναι η σχετική κινητικότητα, ενώ το y είναι το μέγεθος. Επίσης, σημειώστε ότι η εξίσωση σας μπορεί να έχει εντελώς διαφορετικούς αριθμούς για τον εκθέτη και τον συντελεστή - αυτή η εξίσωση παρέχεται μόνο ως υποθετικό παράδειγμα.
Πάρτε τη σχετική κινητικότητα για τις ζώνες από το δείγμα σας και συνδέστε το ως x για να υπολογίσετε το μέγεθος των τεμαχίων DNA στις ζώνες δειγμάτων.
Υποθέστε ότι η εξίσωση που προέκυψε από το πρόγραμμα υπολογιστικών φύλλων ήταν πράγματι y = (0.3) x ^ -2.5 και η σχετική κινητικότητα μιας συγκεκριμένης ζώνης δείγματος ήταν 0.68. Αν αντικαταστήσετε την εξίσωση σας με το 0.68, βρίσκετε τα εξής:
y = (0,3) (0,68) ^ - 2,5
Χρησιμοποιώντας την αριθμομηχανή σας, ανεβάζετε το 0,68 στο -2,5 και βρείτε τα εξής:
y = (0,3) (2,62)
y = 0.786
που θα ήταν τότε το εκτιμώμενο μέγεθος σε kilobases του DNA σε μία από τις ζώνες από το δείγμα σας.
Πλασμίδια
Σημειώστε ότι μπορείτε ή δεν μπορεί να χρειαστεί να χρησιμοποιήσετε τις οδηγίες σε αυτή την ενότητα. Η ηλεκτροφόρηση πηκτής αγαρόζης χρησιμοποιείται συχνά για να επιβεβαιώσει ότι ένα πλασμίδιο περιέχει ένα δεδομένο ένθετο. Εάν δεν εργάζεστε με πλασμίδια, μπορείτε να παραλείψετε αυτήν την ενότητα. Εάν είστε, ωστόσο, μπορείτε να ακολουθήσετε αυτές τις οδηγίες.
Παρατηρήστε ότι αν εργάζεστε με αδιαφανή πλασμίδια, δεν μπορείτε να υπολογίσετε το μέγεθος χρησιμοποιώντας τη διαδικασία από την ενότητα 1 παραπάνω. Αυτό συμβαίνει επειδή τα μη κοψωμένα και χαραγμένα πλασμίδια μεταναστεύουν με διαφορετικούς ρυθμούς από το γραμμικό DNA.
Συγκρίνετε τον αριθμό των ζωνών σε κάθε λωρίδα. Θυμηθείτε ότι ένα περιοριστικό ένζυμο κόβει το DNA σε θέσεις όπου λαμβάνει χώρα μια δεδομένη αλληλουχία που ονομάζεται περιοχή περιορισμού. Αν ένα δείγμα υποβλήθηκε σε επεξεργασία με δύο περιοριστικά ένζυμα, πρέπει να υπάρχουν και οι δύο ζώνες για το ένθετο και μία ταινία για το υπόλοιπο του πλασμιδίου. Αυτό συμβαίνει επειδή το ένθετο θα πλαισιώνεται από δύο θέσεις περιορισμού, το καθένα για ένα διαφορετικό ένζυμο, έτσι οι αποκοπές και στις δύο αυτές θέσεις θα απελευθερώνουν το ένθετο από το πλασμίδιο. Μία τομή μόνο σε μία θέση, αντίθετα, θα μετατρέψει το πλασμίδιο σε γραμμικό ϋΝΑ. Μια περικοπή δειγμάτων χωρίς περιοριστικά ένζυμα ή ένα ένζυμο περιορισμού, τότε, θα πρέπει να περιλαμβάνει μία μόνο ζώνη, ενώ ένα κομμάτι δείγματος με δύο ένζυμα περιορισμού θα πρέπει να περιλαμβάνει δύο ζώνες.
Προσέξτε για μπάντες που δημιουργήθηκαν από πλασμιδιακό DNA. Ένα σχιστοποιημένο πλασμίδιο έχει μια κοπή μόνο σε έναν μονό κλώνο, έτσι μεταναστεύει πιο αργά από ένα κομμένο πλασμίδιο. Τα κομμένα πλασμίδια με τη σειρά τους μετακινούνται πιο αργά από το μη κομμένο DNA.
Εκτιμήστε το μέγεθος του ένθετου χρησιμοποιώντας τη διαδικασία που περιγράφεται στην Ενότητα 1 και προσδιορίστε αν ανταποκρίνεται στις προσδοκίες σας (οι οποίες θα ποικίλουν ανάλογα με το πείραμα).